Dentro de la instalación del Biodigestor debe considerarse la realización de un área de percolación donde el agua termina su tratamiento y está puede ser de dos maneras:
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Zanja de infiltración.
La fabricación de las zanjas depende de la forma y tamaño del área disponible, de la capacidad requerida, de la topografía del terreno y de la tasa de infiltración del subsuelo, debe realizarse un análisis cualitativo de las principales propiedades de la capacidad absorbente del suelo, tales como:
- Textura
- Estructura
- Color y espesor de los estratos permeables.
Para construir una zanja de infiltración es necesario el siguiente material:

- Grava o piedras trituradas de granulometría variable entre 20 y 50 mm.
- Tubería de 100 mm de diámetro con perforaciones.
- Cubierta permeable de polietileno.
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Una vez excavada la sección de la zanja efectuar un raspado a las paredes y fondo para eliminar el remoldeo del área absorbente, retirar el material sobrante y rellenar la zanja con una capa de .15 cm de espesor mínimo de grava, hasta obtener el nivel sobre el cual deben colocarse las tuberías, la tubería se instala sin juntar con aberturas de .05 m, una vez colocada la tubería recubrir nuevamente con grava hasta cubrir totalmente y dejar una capa de 50 mm de espesor mínimo por encima del borde superior de la tubería.
Posteriormente se coloca la cubierta impermeable de polietileno, la cual funciona para evitar la entrada de partículas de tierra y no se tapen las tuberías, para finalizar cubrir totalmente las zanjas con una capa de tierra compactada de .30 m de espesor mínimo.
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Pozo de Absorción.
Es un sistema vertical de infiltración al subsuelo a través de sus paredes y piso permeable, el cual proporciona al agua untratamiento físico y biológico a través de la infiltración en un medio poroso. El pozo de absorción se puede instalar cuando no se dispone del terreno suficiente para un filtro subterráneo. Sus dimensiones y número de pozos dependen de la permeabilidad del terreno, para la instalación de pozo de absorción.
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